Eines der wohl umstrittensten Themen und mit vielen Fehlmeinungen behaftet ist das Thema Silage-Fütterung und Käseherstellung. Für lang gereifte Käse, sprich alle Hartkäse (z.B. Bergkäse, Emmentaler etc.) ist die Silage kein Thema in der Fütterung. Im fertigen Käse führt diese unweigerlich mehr oder weniger zu Fehlgärungen. Dadurch entstehen große Gärlöcher bzw. ein völlig zerrissener Käseteig. Der Geschmack weicht vom typischen Käsegeschmack ab, die Qualität ist minderwertig. Der Käse ist aber genießbar. Schuld an diesem Vorgang sind die so genannten Clostridien. Dies sind Sporenbildner, die auch jede Pasteurisierung ohne Probleme überstehen und sich in den meisten Fällen durch bereits geringe Fehlgärungen in der Silage vermehren. Durch die Fütterungs- bzw. Verdauungskette gelangen diese Sporenbildner auch auf die Haut der Milchzitze der Kuh. Durch den Melkvorgang werden solche Sporen mit in die Rohmilch eingeschwemmt. Für alle Joghurt, Frischkäse und Weichkäse stellt die Fütterung von Silage kein Problem dar. Aus einem einfachen Grund: Diese Produkte haben eine kürzere Lebensdauer, denn die Aktivität der Clostridien beginnt erst nach ca. 3 Wochen. Bei kleinen Käselaibchen können diese Gase leicht entweichen, sodass es auch zu keiner geschmacklichen Veränderung kommt. Zusammenfassend muss man festhalten, dass der Rohmilchgeschmack entscheidend mit der Fütterung zusammenhängt.